अपनी तरह के सबसे पुराने मंदिरों में से एक, मदन मोहन मंदिर, द्वारकाधीश पहाड़ी के ऊपर स्थित है। कहा जाता है कि भगवान कृष्ण ने यमुना नदी से निकले कालिया नाग को हराकर यहां विश्राम किया था। भीग जाने और ठंड के कारण, कृष्ण तब तक कांपते रहे, जब तक कि 12 सूर्य या द्वादश आदित्य, उन्हें गर्माहट देने के लिए नहीं निकले। 'मदन' शब्द, कामना और प्रेम के देवता कामदेव को इंगित करता है, जबकि 'मोहन' का अर्थ होता है, जो आकर्षित करता हो। अत: 'मदन मोहन' का अर्थ उस देवता के सन्दर्भ में है, जो प्रेम के देवता को भी आकर्षित कर सकता है।
मंदिर का मूल टॉवर के दोनों ओर लाल बलुआ पत्थरों से बनी इमारतों हैं और ये सभी मुगल वास्तुशिल्प के संवेदनशीलता का परिचय देते हैं। बाईं ओर वाली इमारत बंद रहती है, जबकि दाई ओर की इमारत में चैतन्य महाप्रभु के शिष्य श्री सनातन गोस्वामी की भजन कुटीर और समाधि है। केंद्रीय भवन में देवी राधा और भगवान कृष्ण की मूर्तियों के साथ साथ 'ललिता' की भी मूर्ति हैं, जिसके बारे में कहा जाता है कि वह राधा की सखियों में से एक थी।
आप मंदिर में, कृष्ण कूप को भी देख सकते हैं, जो कहा जाता है कि इसे भगवान कृष्ण ने अपने भक्तों के लिए बनाया था। यहां अद्वैत वट नामक एक पुराना बरगद का पेड़ भी है, जहां श्री अद्वैत आचार्य ने विश्राम किया था, और भगवान कृष्ण के पवित्र नाम का जाप किया था।
इस मंदिर का निर्माण सन् 1580 में कपूर राम दास (मुल्तान के एक व्यापारी) ने श्री सनातन गोस्वामी के मार्गदर्शन में करवाया था।