महाकाल गुफाओं के रूप में भी लोकप्रिय, दुंगेश्वरी गुफाएं, बोधगया से 12 किमी उत्तर-पूर्व में स्थित हैं। माना जाता है कि भगवान बुद्ध ने ज्ञान प्राप्ति के लिए बोधगया जाने से पहले छह साल तक इस स्थान पर ध्यान लगाया था। एक गुफा मंदिर में उनकी कठोर तपस्या का को दर्शाती स्वर्ण की एक मूर्ति है। एक और गुफा में बुद्ध के जीवन के उस चरण को श्रद्धांजलि देने के लिए बनी उनकी एक बहुत बड़ी प्रतिमा है, जो लगभग 6 फीट ऊंची है।

इन गुफा मंदिरों से जुड़ा एक लोकप्रिय मिथक है। कहा जाता है कि अपने आत्म-वैराग्य के दौरान, गौतम (जैसा कि बुद्ध को पहले कहा जाता था) क्षीण हो गए थे। सुजाता के नाम की एक गाय चराने वाली स्त्री उनकी क्षीण काया को देख द्रवित हो गई और उसने उन्हें भोजन और पानी दिया। इसके बाद, गौतम को एहसास हुआ कि स्वयं को दुख देकर बोधिसत्व प्राप्त नहीं किया जा सकता है और वह बोधगया की यात्रा पर निकल गए। गुफा मंदिरों में से एक मंदिर, हिंदू देवी, दुंगेश्वरी को समर्पित है।

महाबोधि मंदिर परिसर एक यूनेस्को विश्व धरोहर स्थल है, जो बिहार की राजधानी पटना से लगभग 115 किमी और गया के जिला मुख्यालय से 16 किमी दूर स्थित है। भव्य महाबोधि मंदिर भगवान बुद्ध के जीवन से संबंधित चार पवित्र स्थलों में से एक है, और उस स्थान को चिह्नित करता है जहां उन्होंने आत्मज्ञान प्राप्त किया था। बोधगया शहर के बीच में, हरे-भरे बगीचों के बीच स्थापित, प्रतिष्ठित बलुआ पत्थर का मंदिर लगभग 52 मीटर की ऊंचाई तक फैला है। उसके शिखर पर हुआ बारीक उत्कीर्णन और उस पर बने मेहराब किसी सुंदर दृश्य से कम नहीं लगते हैं। मंदिर के अंदर एक सोने की मूर्ति है जिसमें भगवान बुद्ध अपनी प्रसिद्ध भूमिस्पर्श मुद्रा में हैं, जिसमें उनकी एक उंगली पृथ्वी को छू रही है, जो यह बता रही है कि उनके निर्वाण प्राप्ति के दर्शन करो। ऊपर बने एक कक्ष में मायादेवी, भगवान बुद्ध की मां की प्रतिमा है। 12 वीं शताब्दी में नष्ट हुए महाबोधि मंदिर की 14 वीं शताब्दी में पुनः मरम्मत की गई थी और 1811 में उसकी खुदाई की गई थी। यह ऐसी जगह है जहां आप घंटों टकटकी लगाए बैठे रह सकते हैं। मंदिर के पास एक तालाब जिसमें कमल के फूल खिलते हैं, जो विशेष आकर्षण का केंद्र हैं।

एक प्राचीन स्तूप, सुजाता गढ़ को वह स्थान माना जाता है जहां भगवान बुद्ध ने आत्मज्ञान प्राप्त करने से पहले कठिन उपवास किया था। पौराणिक कथा के अनुसार, सुजाता नाम की एक महिला, जो एक गाय चराया करती थी, ने बुद्ध को उस समय खीर का एक प्याला दिया था, जब उसने उपहास की वजह से उनकी काया को क्षीण होते देखा था। बुद्ध को आत्म-त्याग की निरर्थकता का एहसास हुआ और उन्होंने वह खीर ग्रहण कर ली। इस प्रकार, महिला नाम पर इस स्थान का नाम सुजाता गढ़ रखा गया। यह माना जाता है कि भोजन ने न केवल बुद्ध को ताकत दी बल्कि उन्हें मध्य मार्ग का पालन करने के लिए भी प्रेरित किया। इस घटना के बाद, बुद्ध बोधि वृक्ष के पास गए जिसके नीचे उन्हें ज्ञान की प्राप्ति हुई। यहां आएं तो सुजाता कुटी की ओर भी जा सकते हैं जो फल्गु नदी के किनारे स्थित है, जहां सुजाता का घर था। 

बोधिवृक्ष और महाबोधि मंदिर के बीच लाल बलुआ पत्थर के टुकड़े को वहां सम्राट अशोक लगाया था। जहां यह लगा है यह वही जगह है  जहां भगवान बुद्ध बैठे थे। इसे पारंपरिक रूप से बुद्ध का वज्रासन (हीरे का सिंहासन या वज्र का आसन) कहा जाता है। कहा जाता है कि भगवान बुद्ध यहां पूर्व की ओर ध्यान करते हुए बैठे थे। अशोक के कई स्तंभों में से सबसे प्रसिद्ध (जिस पर उन्होंने अपने सिद्धांतों और धार्मिक सिद्धांत के बारे में जो समझा था, उसे उकेरा था), यह मंदिर के दक्षिण-पूर्व कोने में स्थित है। वज्रासन का उल्लेख अश्वघोष जैसे कई विद्वानों की रचनाओं में हुआ है, जो अपने बुद्धचरित में लिखते हैं कि यह स्थान "पृथ्वी की नाभि" है। फाह्वान ने भी उल्लेख किया है कि पिछले जितने बुद्ध हुए, सभी ने यहां आत्मज्ञान प्राप्त किया था और भविष्य के बुद्ध भी इस स्थान पर आत्मज्ञान प्राप्त करेंगे।