चूहों के मंदिर के रूप में प्रसिद्ध, करणी माता मंदिर में दूर-दूर से भक्त और पर्यटक आते हैं। यह अत्यधिक पूजनीय मंदिर देवी करणी माता को समर्पित है, जिन्हें देवी दुर्गा का अवतार माना जाता है। इस मंदिर में लगभग 25,000 चूहे हैं जिन्हें काबा के नाम से जाना जाता है। यह चूहे करणी माता के पुत्रों के रूप में माने जाते हैं और यहाँ आपके पैरों से सफेद काबा का स्पर्श होना अत्यधिक शुभ माना जाता है। चरन कबीले के लगभग 600 परिवार करणी माता के वंशज होने का दावा करते हैं और मानते हैं कि उन्हें चूहों के रूप में पुनर्जन्म दिया जाएगा। करणी माता बीकानेर के शाही परिवार की कुल देवी भी हैं। वह 14वीं सदी में रहती थीं और उन्होंने कई चमत्कार किए। इस मंदिर से जुड़ी एक प्रचलित किंवदंती यह है कि जब करणी माता के सौतेले बेटे लक्ष्मण पानी पीने का प्रयास करते हुए कपिल सरोवर में डूब गए, तो करणी माता ने यमराज अर्थात मृत्यु के देवता से उन्हें वापस जीवन देने के लिए इतनी प्रार्थना की कि यमराज ने केवल उनके पुत्र लक्ष्मण को ही नहीं बल्कि उनके सभी बेटों को चूहों के रूप में पुनर्जन्म दिया। यह ध्यान रखना दिलचस्प है कि ये चूहे आमतौर पर किसी भी प्रकार की बदबू नहीं फैलाते हैं जैसा कि चूहे आमतौर पर करते हैं, और वे कभी भी किसी बीमारी के फैलने का कारण भी नहीं रहे हैं। यहाँ चूहों द्वारा भोजन किया जाना वास्तव में शुभ माना जाता है। मंदिर के सामने एक सुंदर संगमरमर की संरचना है, जिसमें चांदी के ठोस दरवाजे लगे हैं। यह इमारत अपने वर्तमान रूप में 20वीं सदी की शुरुआत में बीकानेर के महाराजा गंगा सिंह द्वारा पूरी की गई थी। मंदिर के परिसर से बाहर निकलने से पहले मुख्य द्वार के पास बने सिंह के कान में अपनी इच्छा व्यक्त करना न भूलें। पर्यटक वापस आते समय देशनोक से बीकानेर के रास्ते में हाल ही में बनाए गए करणी माता गलियारे में भी जा सकते हैं। इस संग्रहालय में सुंदर मूर्तियों, चित्रों और झांकियों के माध्यम से करणी माता की कहानियों को दर्शाया गया है। 

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