शहर में सबसे प्रमुख मंदिर जो हर साल भक्तों को आकर्षित करता है, बाबा बैद्यनाथ मंदिर एक ज्योतिर्लिंग (भगवान शिव के भक्ति प्रतिनिधित्व) और एक शक्तिपीठ (भक्ति मंदिर जहां देवी शक्ति के शरीर के अलग-अलग हिस्से गिरे थे) दोनों के रूप में प्रतिष्ठित हैं। यह मंदिर देश के 12 पवित्र ज्योतिर्लिंगों में से एक है और यह भगवान शिव को समर्पित है। इसमें भगवान गणेश और देवी पार्वती की मूर्तियां भी हैं। प्रार्थना सुबह 4 बजे शुरू होती है और पहले पुजारी षोडशोपचार (सोलह सेवा) के साथ पूजा करते हैं। फिर, भक्तों को भगवान की पूजा करने की अनुमति होती है। किंवदंती है कि यह वह स्थान है जहां लंका के राजा रावण ने भगवान शिव को एक-एक करके अपने दस सिर चढ़ाए थे। यह देखकर, भगवान पृथ्वी पर उतरे और रावण की चोटों को ठीक किया। इस प्रकार, शिव को 'वैद्य' कहा जाता है जिसका अर्थ है चिकित्सक या मरहम लगाने वाला। जबकि इस पवित्र भूमि के साथ कई ऐसे किंवदंतियां जुड़ी हैं, इतिहास भी इसके महत्व को साबित करता है। गुप्त वंश के अंतिम राजा, आदित्यसेन गुप्त के शासन के दौरान 8 वीं शताब्दी ईस्वी से मंदिर का उल्लेख मिलता है। मुगल काल के दौरान, अंबर के शासक, राजा मान सिंह, के बारे में कहा जाता है कि उन्होंने यहां एक तालाब बनवाया था, जिसे मानसरोवर के नाम से जाना जाता है। मंदिर का मुख पूर्व की ओर है और यह एक पिरामिड के समान बुर्ज की तरह एक पत्थर की संरचना है, जो 72 फीट ऊंचा है। इसके ऊपर तीन सोने के बर्तन गढ़े हैं, साथ में एक पंचशूल (एक त्रिशूल के आकार में पांच चाकू) हैं। चंद्रकांता मणि नामक एक आठ पंखुड़ियों वाला कमल भी है।