Probablemente la iglesia más famosa en Goa, y una de las más veneradas por los cristianos de todo el mundo, la Basílica de Bom Jesus en la Vieja Goa es conocida por ser hogar de los restos mortales de San Francis Xavier. Este complejo, junto a otras iglesias de la Vieja Goa, se ubica en la lista de patrimonios de la humanidad de la UNESCO. Su fachada exterior, construida con granito negro, hace notar una arquitectura barroca combinada con influencias dóricas y corintias.

Dentro, el altar principal es de 9 metros de ancho y 16,5 metros de alto, y sus pilares han sido erigidos usando basalto de Bassein (ahora Vasai, un pueblo en Maharashtra), aproximadamente a 300 km. Rodeado de oro, se puede ver la figura de un infante Jesucristo, sobre la cual hay una estatua de San Ignacio Loyola, fundador de la Orden Jesuíta. Esta estatua tiene la mirada puesta en un medallón, sobre la que está representada la Santa Trinidad (Padre, Hijo y Espíritu Santo). En el lado Sur de la basílica se ubica la capilla donde están preservadas las sagradas reliquias de San Francis Xavier. El interior de la Iglesia está abundantemente adornado con tallados de madera y pinturas que muestran escenas de la vida de San Xavier. Un ataúd de plata, que contiene las sagradas reliquias del santo, está dividido en siete paneles, cada uno conteniendo dos platos que representan incidentes en la vida del santo.

La Basílica de Bom Jesus es la única iglesia en el estado que no tiene un exterior cubierto en yeso. El 24 de Noviembre de 1954, se colocó la piedra fundacional de la Iglesia y fue consagrada el 15 de Mayo de 1605 por el Arzobispo de Goa, Aleixo de Menezes. Tuvo su ascenso a basílica en 1946.

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