Wahrscheinlich die bekannteste Kirche in Goa und von Christen weltweit am meisten verehrt, ist die Basilica of Bom Jesus in Old Goa berühmt für die Unterbringung der sterblichen Überreste von St. Francis Xavier. Dieser Komplex steht gemeinsam mit einigen anderen Kirchen von Old Goa auf der Liste des UNESCO-Weltkulturerbes. Die Außenfassade, die aus schwarzem Granit gefertigt wurde, ist für die barocke Architektur in Kombination mit dorischen, korinthischen und anderen gemischten Einflüssen bekannt.

Der Hauptaltar im Inneren ist 9 m breit und 16 m hoch und seine Säulen wurden aus Basalt aus dem ca. 300 km entfernten Bassein (heute Vasai, eine Stadt in Maharashtra) errichtet. Er ist reich vergoldet und zeigt die Figur des Jesuskindes, über der eine Statue des heiligen Ignatius Loyola, dem Gründer des Jesuitenordens, steht. Letzterer blickt auf ein Medaillon, über dem die Heilige Dreifaltigkeit (Vater, Sohn und Heiliger Geist) dargestellt ist. An der Südseite der Basilika befindet sich die Kapelle, in der die sakralen Reliquien des heiligen Franz Xaver aufbewahrt werden. Das Innere der Kirche ist reich verziert mit Holzschnitzereien und Gemälden, die Szenen aus dem Leben des heiligen Xaver darstellen. Eine silberne Schatulle, die die sakralen Reliquien des Heiligen enthält, ist in sieben Tafeln unterteilt, von denen jede zwei Platten enthält, die repräsentativ für die Ereignisse im Leben des Heiligen sind.

Die Basilica of Bom Jesus ist die einzige Kirche im Bundesstaat, die außen nicht verputzt ist. Am 24. November 1594 wurde der Grundstein der Kirche gelegt und sie wurde am 15. Mai 1605 vom Erzbischof von Goa, P. Alexia de Menezes, eingeweiht. Im Jahre 1946 wurde sie zur Basilika erklärt.