Situé dans l’enceinte du fort de l'Est, le temple de Padmanabhaswamy est réputé pour ses gravures sur pierre et ses fresques peintes. Le Seigneur Vishnu allongé sur Anantha, le serpent, est la divinité qui préside ce temple, considéré comme l’un des 108 sanctuaires sacrés du Seigneur Vishnu en Inde, ou Divya Desams. Selon le texte hindou sacré Bhagwat Gita, le frère ainé du Seigneur Krishna, Balarama, aurait visité ce temple qui mélange les styles architecturaux Dravidien et Kerala. Les croyants considèrent que le coffre mystérieux du temple ne doit pas être ouvert par un humain. On raconte que si quelqu’un essayait de le faire, des catastrophes frapperaient les environs du temple ou l’ensemble de l’Inde. Seuls ceux qui suivent les préceptes hindous peuvent pénétrer dans le temple, qui impose également un code vestimentaire.


La structure actuelle du temple est le résultat d’une rénovation commandée par Marthanda Varma, l’un des rois de Travancore les plus célèbres et les plus remarquables. C'est également lui qui a instauré les festivals de Murajapam et Bhadra Deepam dans le temple. Murajapam signifie “chant continu de prières”, et a lieu à Padmanabhaswamy une fois tous les six ans.


L’idole de la divinité principale est unique car elle est confectionnée avec plus de 12 000 salagramams (coquillages fossilisés, considérés comme le symbole du Seigneur Vishnu), ramassés sur les berges de la rivière Gandaki au Népal. Elle mesure 5,4 mètres de long, disposée sur une dalle en pierre et visible depuis les trois portes de la chambre. Des images en taille réelle de Narasimha Swamy (l’incarnation mi-homme, mi-lion du Seigneur Vishnu), du Seigneur Ganesha et de Gaja Lakshmi sont également installées. Une hampe de drapeau, appelée dhwaja stamba, comporte des feuilles de cuivre plaquées or. De nombreuses pièces comme le bali peeda mandapam et le mukha mandapam sont décorées de divinités sur leurs murs, tandis que le plafond du navagraha mandapa représente les neuf planètes du système solaire. Au niveau inférieur se trouve une salle de spectacle où des représentations de Kathakali ont lieu au cours des mois Malayalam de Meenam (mars-avril) et Thulam (octobre-novembre). Le couloir du temple est une autre œuvre d’art, avec ses piliers en granite de chaque côté.


Le temple impose un code vestimentaire très rigoureux, les hommes doivent idéalement porter des dhotis (qui les couvrent jusqu’aux pieds) et les femmes des saris, demi-saris ou une jupe et une blouse pour le darshan (pratique qui consiste à exprimer l'obéissance à une divinité).

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