Der Padmanabhaswamy Tempel, der innerhalb eines Burghofs im Ost Fort liegt, ist bekannt für seine Steinschnitzereien und Mauermalereien. Lord Vishnu stützt sich auf Anantha, die Schlange, eine der herrschenden Gottheiten in diesem Tempel der einer der 108 heilige Schreine oder Divya Desams des Lord Vishnu in Indien sein soll. Nach dem heiligen hinduistischen Text der Bhagwat Gita, Lord Krishnas älterem Bruder, besuchte Balarama diesen Tempel, ein Zusammenfluss der Dravidian und Kerala Architekturstile. Man glaubt, dass der Tempel eine mysteriöse Gruft besitzt, die von keinem Menschen geöffnet werden kann. Man sagt, wenn Menschen das probierten, würden in den Tempelgebäuden, darum herum und in ganz Indien Katastrophen passieren. Nur diejenigen die dem Hindu Code folgen dürfen diesen Tempel betreten und es gibt auch einen Dresscode.

Der aktuelle Bau des Tempels ist das Ergebnis der Renovierung, die von Marthanda Varma in Auftrag gegeben wurde, einer der beliebtesten und bekanntesten Travancore Könige. Er hat auch das Murajapam und Bhadra Deepam Fest im Tempel eingeführt.Ersteres bedeutet kontinuierliches Singen von Gebeten und findet alle sechs Jahre in Padmanabhaswamy statt.

Das Standbild der residierenden Gottheit ist einzigartig in der Art, wie es mehr als 12,000 salagramams (versteinerte Muscheln, die als Symbol von Lord Vishnu betrachtet werden) enthält, die vom Ufer des Gandaki Flusses in Nepal stammen. Es ist 5,5m lang und steht auf einer Steinplatte und ist von der dritten Tür der Kammer aus sichtbar. Hier gibt es auch ein lebensgroßes Bild von Narasimha Swamy (der Halblöwen, halb Mann Inkarnation von Lord Vishnu), Lord Ganesha und Gaja Lakshmi. Ein Flaggenmast, bekannt als dhwaja stamba, zeigt vergoldetes Kupferblech. Hallen wie Bali peeda mandapam und mukha mandapam stellen Gottheiten auf ihren Wänden dar, während die Decke des navagraha mandapa die neun Planeten des Solarsystems zeigt. Auf einem niedrigeren Level liegt die Theaterhalle, wo Kathakali Vorführungen während der Malayalam Monate von meenam (März-April) und Tulam (Oktober-November) stattfinden. Der Flur des Tempels ist ein weiteres Meisterstück, der auf beiden Seiten mit geschnitzten Granit-Steinsäulen verziert ist.

Der Tempel folgt einem strengen Dresscode, Männer sollten also idealerweise dhotis (Kleidung, die bis zu den Füßen reicht) tragen und Frauen sollten Saris, Halbsaris oder einen Rock und eine Bluse für den darshan (eine Praxis der Gottheit Gehorsam zu zollen) tragen.