올드고아의 주 광장에 위치한 아시시의 성 프란치스코 교회는 파나지에서 10km 정도 떨어져 있다. 이 교회는 1517년 고아에 도착한 8명의 프란치스코 수도사들에 의해 설립되었다. 1665년 지어진 옛 구조의 포르투갈-마누엘리네식 포탈을 간직하고 있는 아시시의 성 프란치스코 교회는 단순한 외관과 호화로운 바로크 인테리어의 매혹적인 시각적 대비를 보여준다. 코린트의 영향이 돋보이는 인테리어는 아름답게 꾸며져 있다. 주요 제단은 아시시의 성 프란치스코 동상과 또 다른 예수 그리스도의 동상이 그 위에 있는 하이라이트다. 양 옆에는 수호성인의 생애와 시대를 묘사한 나무 그림이 그려져 있다.

교회는 1521년 예배당이 교회로 격상되어 1602년 성결식을 거행하고 1661년 현재의 건축물이 건립되면서 시작되었다. 교회와 인접한 수녀원은 현재 박물관이 있는 곳이다. 1964년 인도 고고학조사국(ASI)이 세운 이 곳에는 고아의 역사와 문화와 관련된 그림, 조각, 기타 공예품들이 소장되어 있다. 서쪽을 마주보고 있는 교회에는 양쪽에 세 개의 채플이 있는 나브와 본단, 합창단이 있다.