Érigé pour les Ta Sangs (moines tibétains) en 1705, ce monastère sur trois étages est l’un des plus réputés de l’État du Sikkim. Il a commencé par un petit sanctuaire baptisé « Tsangkhang », fondé par Lhatsun Chhenpo entre 1650 et 1651. Cet autel fut déplacé sur le site actuel en 1705 par Chhogyal Chhagdor Namgyal et Lama Khanchhen Rolpai Dorje (premier lama en chef de Pemayangtse Gompa). Une petite structure religieuse près de l’entrée est ornée d’une statue de Dorje Phagmo (Vajra Varahi) offerte à Chogyal Gyurmed Namgyal par Terton Terdag Lingpa du Tibet comme cadeau lors du mariage avec sa fille.

Le principal festival de ce site est Guru Drakmar chham, fêté en hiver aux mois de février ou de mars. Avec plus de 100 moines à l’heure actuelle, le monastère de Pemayangtse est considéré comme le plus important monastère suivant la lignée Mindroling dans le Sikkim.

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