Gebaut für die Ta Sangs (reine Tibetische Mönche) im Jahr 1705, ist dieses dreistöckige Kloster eines der bekanntesten im Staat Sikkim. Es begann mit einem kleinen Schrein, “Tsangkhang” genannt, der von den Lhatsun Chhenpo zwischen 1650 und 1651 n. Chr. gegründet wurde. Dieser Schrein wurde später an die aktuelle Stelle positioniert und im Jahr 1705 von Chhogyal Chhagdor Namgyal und Lama Khancchen Rolpai Dorje (die ersten Anführerlama von Pemayngtse Gompa) neu gegründet. Ein kleiner religiöser Bau in der Nähe des Eingangs besitzt eine heilige Statue von Dorje Phagmo (Vajra Varahi), die Chogyl Gyurmed Namgyal von Terton Terdag Lingpa aus Tibet als Geschenk zur Hochzeit seiner Tochter überreicht wurde. 

Das Hauptfest hier ist Guru Drakmar Chham das im Winter in den Monaten Februar bis März gefeiert wird. Mit mehr als 100 Mönchen wird das Pemayngtse Kloster als der Ursprung aller folgenden Kloster der Mindroling Abstammung in Sikkim bezeichnet. 

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